Mikro gözenekli elek filtreleri, arıtılmış su sistemlerinde parçacıkların ve mikroorganizmaların geçişine fiziksel bir engel sağlar. Mutlak parçacık boyutu derecelendirmeleriyle karakterize edilen elek filtreleri, yüzeylerinde kontrollü gözenek boyutundan daha büyük tüm parçacıkları tutar. Sıkışan malzeme yüzeyde birikebilir ve filtreden sızabilir, bu nedenle filtrelerin periyodik olarak sterilize edilmesi veya otoklavlanması veya değiştirilmesi gerekir. Bakterilerin olmamasını sağlamak ve sistemi geri kontaminasyondan korumak için genellikle saflaştırma zincirinin en sonunda kullanım noktası cihazları olarak takılırlar.

Pozitif yüklü mikro gözenekli filtreler, endotoksinler gibi negatif yüklü türlerin ek olarak oldukça etkili bir şekilde uzaklaştırılmasını sağlar.

Ultrafiltreler, tipik olarak 1 ila 50 nm gözenek boyutuna sahip membran filtrelerdir ve protein makromolekülleri kadar küçük parçacıkları kaldırabilir. Mikro gözenekli filtrelerden daha fazla geri basınç üretirler ve genellikle yüzey alanını maksimize etmek için içi boş lifler şeklinde kullanılırlar. Ultrafiltreler, cilalama saflaştırma döngüsünde kullanılır.