Açıkça, belirlenen bir bileşiğin sudaki varlığı, analiz sonuçlarının doğruluğunu doğrudan etkileyecektir. Örtüşen kromatografik piklere veya izotopik kütlelere sahip diğer bileşikler de sırasıyla HPLC ve LC-MS analizlerine müdahale edecektir. Daha az çözünür türlerin daha yüksek konsantrasyonları, bu teknikler için sprey özelliklerinde bozulmaya yol açabilir ve HPLC'de kolon ve detektör performansını düşürebilir. Safsızlıklar ayrıca iyonizasyonu etkileyebilir ve ICP-MS ve LC-MS'de çok atomlu iyonlar oluşturabilir.