Nükleazlar, tartışılan tüm teknikler için ana düşünce olmasına rağmen, moleküler biyoloji yöntemleri de iyonik kirleticilerden, organik bileşiklerden ve bakterilerden etkilenir.

Nükleazlar

Nükleaz seviyeleri saptama sınırının altında olan son derece saf su, PCR, sıralama, elektroforez ve mikrodizilerin hazırlanması ve kullanımı sırasında DNA / RNA'nın bozulmasını önlemek için gereklidir.

İyonlar

PCR, maksimum verimlilik için belirli bir magnezyum konsantrasyonu gerektiren ve kadmiyum ve çinko gibi ağır metallerin yanı sıra bir dizi iki değerlikli metale duyarlı olan polimeraz kullanır. Özellikle enzimin aktif bölgesine bağlanabilen ve katalitik aktivitesini etkileyebilen geçiş metallerinden - örneğin demir, kobalt, bakır ve nikel - etkilenir. Elektroforezde, bilinmeyen iyon konsantrasyonları, tamponların gerekli iyonik kuvvetini ve pH'ını korumayı zorlaştırır. Bilinmeyen iyon konsantrasyonları, optimumhibridizasyon için belirli konsantrasyonların gerekli olduğu mikrodizilerle ilgili bir sorundur.

Organik

PCR'de, negatif yüklü organik moleküller, DNA yükünü taklit eder ve rekabetçi olmayan inhibitörler olarak hareket ederek, polimeraz verimini düşürerek katalitik sürece müdahale edebilir. Organik bileşikler aynı zamanda DNA sekanslamasında yıkıcı kirleticilerdir ve büyük organik asitlerle (örneğin, doğal maddenin bozunmasından kaynaklanan hümik ve fulvik asitler) DNA parçalarıyla birlikte yıkanarak jel elektroforezini olumsuz etkileyebilir. Organikler ayrıca saptama için sıklıkla kullanılan floresan boyalardan gelen sinyali emerek ve söndürerek ve ayrıca mikrodizihibridizasyon sürecine müdahale ederek sıralama hatalarına neden olabilir.

Bakteriler

Bakteriler nükleazları suya salabilir ve nükleik asitlerin bozulmasını önlemek için mümkün olduğunca düşük bir seviyeye indirilmelidir. Ayrıca, hedef DNA ile birlikte amplifiye edilebilen, hatalı sonuçlara yol açan ve ayrıca DNA parçalarının elektroforez ile ayrılmasına müdahale eden DNA içerirler. Ek olarak, bakteriler PCR ve sıralama reaksiyonlarına müdahale edebilecek iyonik ve organik kirleticiler salgılar.