Sudaki HPLC ve LC-MS'yi etkileyen başlıca safsızlıklar organik bileşikler ve daha az ölçüde iyonlar, bakteriler ve partiküllerdir. IC, iyonik safsızlıkları izlemeye özellikle duyarlıdır.

1. Organik Bileşikler

LC için kullanılan herhangi bir suda organik bileşiklerin varlığı bir dizi kromatografik soruna neden olabilir. Bunlar, durağan fazdaki aktif bölgeler için analit ile rekabet etmeyi, aktif bölgeleri bloke etmeyi ve hayalet tepeler oluşturmayı içerir. Ayrıca, ilgilenilen elementlere yakın kütleli iyonlar üreterek ve iyonizasyon verimini etkileyerek LC-MS'ye müdahale edebilirler.

2. İyonlar

IC için kullanılan sudaki iyonlar, arka plan gürültüsünü ve kaymasını artırarak ve aynı zamanda sahte zirveler üreterek hassasiyeti ve tekrarlanabilirliği azaltabilir. LC-MS'de metal iyonları, kütle spektral yorumunu zorlaştıran eklentiler oluşturabilir.

3. Bakteriler ve Partiküller

Parçacıklar ve bakteriler zamanla sütunu ve diğer bileşenleri tıkayabilir. Bakteriler ayrıca kromatografiyi etkileyebilecek organik yan ürünler de üretebilir.